Khi sống tại triều đình Pháp, Henrietta nhận thêm tên gọi ["Anne"] từ người mợ bên mẹ, Thái hậu Anne (Anne là vợ của Louis XIII của Pháp, mẹ của Louis XIV, mẹ của Henrietta là em gái út của Louis XIII)[6]. Trong suốt thời thơ ấu, Henrietta được giới thiệu tại triều đình Pháp là [Henrietta d'Angleterre] hay [Princesse d'Angleterre], bà cùng mẹ mình được sắp xếp cho vài căn phòng trong cung điện, hưởng mỗi tháng trợ cấp 30,000 livre và quyền sử dụng Château de Saint-Germain-en-Laye. Những khoản trợ cấp hào phóng này đủ khiến cho mẹ bà chi ra để giúp đỡ Vua Charles I vẫn đang ở tại Anh, và cũng có thể sắp xếp những người Anh tị nạn[7]. Cũng trong giai đoạn này, Henrietta Maria mặc kệ con gái mình đã được làm lễ rửa tội theo nghi thức Anh giáo, quyết định định hướng và giáo dục lại Henrietta trở thành người Công giáo và được đưa đến Tu viện ở Chaillot, nghe sự giảng dạy và chỉ bảo bởi các Nữ Tu sĩ thuộc dòng Visitation.

Suốt thời kỳ Fronde, cuộc nội chiến tàn phá Pháp giai đoạn 1648-1653, Henrietta và mẹ đến trú tại một dinh thự ở Louvre, nơi mà mẹ con bà sống rất tiết kiệm và thậm chí không thể ăn mặc phù hợp với địa vị của mình. Năm 1649, tin tức Vua Charles I bị xử tử phóng đến Henrietta và mẹ mình, tình thế và địa vị của hai mẹ con lúc này cực kỳ bấp bênh: vợ và con gái của một vị Vua đã bị phế truất, chém đầu và là thành viên của một gia tộc (nhà Stuart) tưởng chừng vĩnh viễn mất đi vị thế. Lord Jermyn, người tình của Henrietta Maria, cũng đi theo mẹ con bà từ Anh, dần trở nên nghiện rượu và đánh đập người làm trong dinh thự hết sức khó coi. Mặc dù những hoàn cảnh như vậy, Henrietta biểu hiện vẫn rất có học thức, đúng quy chuẩn của một nữ quý tộc đương thời. Sang năm 1652, người anh khác của bà là Henry Stuart, Công tước xứ Gloucester chính thức đến Pháp và ở cùng hai mẹ con bà. Đến năm 1660, khi đang cư trú tại Château de Colombes, tình hình của mẹ con Henrietta khả quan hơn khi anh cả của bà tự xưng làm Vương và lấy hiệu Charles II của Anh, thành công quá trình Trung hưng quân chủ Anh. Với vị thế là "Em gái của Vua", Henrietta lúc này mới được nhìn nhận, và Thái hậu Anne cũng bắt đầu để ý chăm sóc người cháu họ chồng này. Sau khi Fronde kết thúc, Henrietta và mẹ mình được phép chuyển đến Palais-Royal cùng Vua Louis XIV, Thái hậu Anne và Vương tử Philippe - em trai của nhà Vua.

Nội chiến căng thẳng qua đi, triều đình Pháp quyết định chọn một cô dâu cho Vua Louis XIV nhằm tìm kiếm người thừa kế. Mặc cho Thái hậu nước Anh là Henrietta Maria đã ám chỉ con gái Henrietta của mình kết hôn với nhà Vua, Thái hậu Anne khước từ mà chọn cô cháu ruột của bà, Maria Theresa của Tây Ban Nha[8], hôn lễ liền diễn ra vào tháng 6 năm 1660. Với sự khôi phục gia tộc vương thất Stuart, Henrietta được Vua Louis XIV và Thái hậu Anne chỉ định hôn nhân cho Phillippe, con trai thứ của Thái hậu và em trai của nhà Vua, một người nổi tiếng với nhiều tai tiếng tình dục, mà hiển nhiên nhất là tình trạng song tính luyến ái. Trước đó, Henrietta đã được cân nhắc bởi Charles Emmanuel II, Công tước xứ Savoy và Cosimo III de' Medici, Đại Công tước xứ Tuscany trong vấn đề hôn nhân, nhưng cái danh phận "người lưu vong" của gia đình bà khiến những ý tưởng hôn nhân này cũng mau chóng tiêu tan[9].